من دروس معركة وادي المخازن، وسبب هذا الانتصار الباهر الذي بالتأكيد لم تكن أسبابه في أرض المعركة فقط بل هناك أشياء حدثت قبل ذلك لتؤدي إلى هذه النتائج العظيمة التي يشهد لها التاريخ ويشهد بها الأعداء قبل الأصدقاء. أن عبد المالك السعدي قام بإصلاحات عميقة في الدولة المغربية رغم حكمه فترة وجيزة جدا بين 1576 إلى وفاته في المعركة يوم 4 غشت 1578..فكان يبني جبهته الداخلية ويحصنها قبل خوض أي معركة خارجية، مما جعل الشعب يلتف حوله ويجاهد بثبات وصمود أبهر كل جيوش العالم عبر التاريخ، لأنه واجه لوحده كل جيوش أوربا آنذاك بقيادة الصليبي الحاقد الامبراطور سبستيان … أهم هذه الإصلاحات العميقة :
ــ كان أول من فصل نهائيا وبصفة رسمية السلطة التنفيذية عن السلطة القضائية، فأصبح القضاء مستقلا، وأعطى مصداقية كبرى لمؤسسات الدولة السعدية الفتية آنذاك، مما أثر في نفوس الشعب فأحب ملكه عبد المالك السعدي وتفانى في نصرته في أي قضية وطنية.
ــ اول من أحدث ديوان المظالم بمراكش، تولاه أخوه أحمد المنصور. فكان يقتص من أي والٍ أو قائد أو إقطاعي متسلط يستغل نفوذه في استغلال الضعفاء. فهلل الناس لهذا الإصلاح الجذري في أجهزة الدولة واستبشروا فرحا، فوقع الالتحام التام بين القيادة والشعب، فأصبحوا جسدا واحدا.
ــ أول مرة في تاريخ المغرب يتم تكوين جيش وطني حديث مجهز من الدولة، ولباس رسمي للدولة، وبرتب رسمية كل عنصر فيه يعرف دوره المنوط به في انضباط وتراتبية وتنظيم محكم. واعتماد خطط واستراتيجية عسكرية محكمة. استفاد من حيث التنظيم والتخطيط نوعا ما من الجارين الأوربي والعثماني . ولو كانا يعتبران عدوين متربصين بالدولة الفتية السعدية. فاستفاد من أعدائه في الجانب العسكري ليذيقهم بأس خططهم بأيديهم. هذا هو سبب انتصار الدولة السعدية المسلمة على كل إمبراطوريات أوربا آنذاك، التي رفعت شعار نصرة الصليب للاستيلاء على المغرب، وجعله قلعة مسيحية أبدية لإحكام سيطرتهم على حوض البحر الأبيض المتوسط الإستراتيجي. وتجدر الإشارة أن المعركة وقعت يوم 4 غشت 1578 بنواحي الثغر التاريخي القصر الكبير على ضفة الوادي الشهير الذي سميت المعركة باسمه، وقد هدم المغاربة قنطرته الكبيرة لكي لا يتمكن الصليبيون من الفرار. مما كان عنصرا فاعلا في حسم المعركة لصالح المسلمين. وتسمى أيضا معركة الملوك الثلاثة بسبب وفاة الملك القائد العظيم عبد المالك السعدي بسبب المرض، وقتل الملك الخائن المتوكل الذي استنجد بالامبراطورية البرتغالية، وأخيرا قتل الإمبراطور سبستيان قائد الحملة الصليبية على المغرب.